Библиотеки, написани на Nextflow

rnaseq

Тръбопровод за анализ на секвениране на РНК с помощта на STAR, RSEM, HISAT2 или Salmon с преброяване на гени/изоформи и обширен контрол на качеството.
  • 646
  • MIT

patterns

Подбрана колекция от модели за внедряване на Nextflow (от nextflow-io).
  • 281
  • MIT

sarek

Тръбопровод за анализ за откриване на зародишна линия или соматични варианти (предварителна обработка, извикване на вариант и анотация) от WGS / целево секвениране.
  • 256
  • MIT

chipseq

Пиково извикване на ChIP-seq, QC и канал за диференциален анализ..
  • 149
  • MIT

atacseq

ATAC-seq пиково извикване и канал за анализ на QC.
  • 142
  • MIT

mag

Сглобяване и групиране на метагеноми.
  • 134
  • MIT

eager

Напълно възпроизводим и най-съвременен тръбопровод за анализ на древна ДНК.
  • 96
  • MIT

configs

Конфигурационни файлове, използвани за дефиниране на параметри, специфични за изчислителни среди в различни институции (от nf-core).
  • 71
  • MIT

rnaseq-nf

Доказателство за концепцията на тръбопровода RNAseq.
  • 53
  • Mozilla Public License 2.0

rare-disease-wf

(WIP) работен процес с най-добри практики за редки заболявания.
  • 51
  • MIT

hlatyping

Прецизно HLA типизиране от данни за секвениране от следващо поколение.
  • 45
  • MIT

rnatoy

Доказателство за концепцията RNA-Seq тръбопровод с Nextflow.
  • 28

GATK

Вариант на зародишна линия, извикващ тръбопровод за следващ поток, базиран на най-добрите практики на GATK4.
  • 11