Библиотеки, написани на Nextflow
rnaseq
Тръбопровод за анализ на секвениране на РНК с помощта на STAR, RSEM, HISAT2 или Salmon с преброяване на гени/изоформи и обширен контрол на качеството.
- 646
- MIT
sarek
Тръбопровод за анализ за откриване на зародишна линия или соматични варианти (предварителна обработка, извикване на вариант и анотация) от WGS / целево секвениране.
- 256
- MIT
configs
Конфигурационни файлове, използвани за дефиниране на параметри, специфични за изчислителни среди в различни институции (от nf-core).
- 71
- MIT
GATK
Вариант на зародишна линия, извикващ тръбопровод за следващ поток, базиран на най-добрите практики на GATK4.
- 11